Wilayah Malaysia yang meliputi semenanjung Malaya, Singapura dan Kalimantan Utara menimbulkan pro kontra di berbagai kalangan. Rakyat Malaya yang beretnis Melayu takut dengan kehadiran etnis Cina, terutama dari Singapura. Pemerintah Inggris memberikan solusi dengan cara menggabungkan wilayah Kalimantan Utara dengan Malaysia. Dengan cara ini, maka etnis Melayu sebagai penghuni asli akan bertambah banyak dari etnis Cina yang mendominasi perekonomian Malaya.
Tunku Abdul Rahman pada tanggal 27 Mei 1961 di depan The Foreign Corespondent’s association of South East di Singapura mengemukakan rencana penggabungan wilayah bekas jajahan Inggris, yakni Malaya, Singapura, Kalimantan Utara, Brunei dan Sarawak.
Gagasan Tunku mendirikan Federasi mendapat dukungan dari Lee Kuan Yew, pemimpin Singapura yang berjanji wilayahnya akan bergabung dengan Malaysia. Pembentukan Malaysia tentu saja mendapat sokongan dari Pemerintah Inggris yang memiliki kepentingan ekonomi di semua wilayah tersebut.
Namun ternyata gagasan tersebut tidak diterima dengan mulus oleh sebagian warga masyarakat. Kalimantan Utara. Pemimpin etnis Cina, Ong Kee Hui, Pemimpin Dayak Tumenggung Jugah Anak Barieng dan pemimpin Partai Rakyat Brunei, AM Azahari menolak bergabung ke Malaysia. Mereka mendirikan UNKO ( United Nationaal Kadazan Organization ). Barisan ini menyerukan penolakan penggabungan Kalimantan Utara di Kinibalu, 9 Juli 1961
Bahkan Sultan Brunei sendiri, Omar Ali Saifuddin ragu ragu bergabung, setelah Tunku mengatakan akan menarik minimal 50 % dari hasil tambang minyak yang diperoleh di Kesultanan Brunei.
Selain itu, sebagian rakyat Brunei, melalui Partai Rakyat pimpinan Azahari yang baru memenangkan pemilu, juga menuntut bentuk negara diubah menjadi Republik. Ketegangan memuncak, ketika Azahari sedang berada di Philipina, para pendukungnya – Tentara Nasional Kalimantan Utara ( TNKU ) , sebuah sayap militer dari Partai Rakyat dibawah pimpinan Yassin Effendi justru melakukan perebutan kekuasaan.