Berdasarkan literature yang ditulis A.Mulders dalam The Fransiscans in the Indonesian Archipelago, bekas bekas mengenai adanya orang Kristen di kepulauan Nusantara yang tertua berasal dari abad VII, ditemukan di Sibolga, Sumatera Utara. Akhir abad 14, beberapa rohaniwan Fransiskan dalam perjalanan ke Tiongkok mengungjungi pulau Sumatera, Jawa dan Kalimantan. Dengan kedatangan Portugis, setelah Malaka dikuasai tahun 1511, mulailah karya misi secara teratur. Fransiscus Xaverius memulai di Ambon, Ternate dan timur Halmahera antara 1546 – 1547. Semuanya jauh sebelum penjajahan Belanda.
Ketika Portugis dikalahkan Belanda di Maluku tahu 1605 sampai pulau terakhir, Sangihe direbut Belanda tahun 1677. Maka karya misi Portugis berakhir. Penduduk penduduk yang telah dipermandikan oleh misionaris Portugis dan Spanyol, atas perintah Kompeni dimasukan ke dalam golongan Protestan. Satu satunya pulau yang nampak istimewa karena tetap ada orang Katolik secara menyeluruh adalah Flores, beberapa pulau sekitarnya dan sebagian Timor, karena daerah tersebut masih dikuasai Portugis sampai 1859.
Belanda mengambilalih wewenang dan kekuasaan VOC ( Kompeni ) tahun 1799, membuat golongan Protestan menerima keistimewaan dalam penyebaran agama. Hal mana berakhir ketika Perancis menduduki Belanda, dimana Raja Lodewijk Napoleon pada 7 Agustus 1806 menetapkan konstutusi semua agama dinilai sama ( Protestan dan Katolik ). Dengan demikian sedikit banyak pengistimewaan terhadap Protestan ditiadakan.
Penyebaran agama Kristen di Indonesia bukanlah kebijakan Belanda. Berbeda dengan penjajahan Spanyol atau Portugis dimana menguasai tanah jajahan sekaligus untuk membawa firman Tuhan di muka bumi. Sehingga di seluruh negeri negeri jajahan mereka umumnya menjadi Katolik. Maka kolonialisme Belanda justru setengah hati menyebarkan agama mereka, dengan ketakutan akan muncul rasa kesamaan antara penduduk asli dengan golongan pendatang dari Eropa. Sehingga pada akhirnya ada 2 golongan, yakni Kristen jawa dan Kristen londo.
Penyebaran di Hindia Belanda dilakukan lembaga misi atau zending, tanpa campur tangan Pemerintah.