Ada beberapa analisa bersumber dari buku maupun kesaksian perwira militer seperti Brigjend Soegandhi atau Kolonel ( KKO ) Bambang Wijanarko yang mengatakan Gerakan G 30 S PKI sepengetahuannya Bung Karno. Dengan kata lain dirinya adalah dalang dari peristiwa penculikan Jenderal Jenderal. Secara logika hal itu tidak masuk akal jika Bung Karno yang menggerakan pemberontakan ini. Buat apa ? Saat itu kedudukan Bung Karno sangat kuat, dimana secara politis dia memegang kekuatan militer dan partai.
Sebagian besar AD ditambah AL, AU, Kepolisian praktis sangat loyal. Jika ada perwira seperti Soeharto yang dianggap kurang loyal, hanya memegang kesatuan Kostrad yang saat itu belum nerupakan pasukan pemukul seperti sekarang. Masih merupakan kesatuan cadangan Angkatan darat. Mayoritas seperti Brawijaya, Siliwangi, Diponegoro bahkan merupakan Soekarnois. Jadi buat apa dia melakukan kudeta untuk dirinya sendiri. Siapa yang diuntungkan? Lagian apa untungnya menghabisi Jenderal Yani, yang justru pagi itu sudah ditunggu di Istana untuk diberi tahu tentang proses alih jabatan.
Peran seseorang atau kelompok dalam suatu kegiatan berbanding lurus dengan keuntungan yang diperolehnya. Dalam peristiwa 1965 itu Sukarno adalah pihak yang dirugikan karena selanjutnya ia kehilangan jabatannya, sedangkan Soeharto sangat diuntungkan. Ia yang selama ini kurang diperhitungkan berpeluang meraih puncak kekuasaan karena para seniornya telah terbunuh dalam satu malam. Bagi Bung Karno, jangankan membunuh para jenderal. Membunuh nyamuk atau mengurung burung saja dia tidak tega.
